Вопрос
ясен пень, что из-за расстояний.
Не думаю. Если бы километраж так сильно влиял на заявку города, то Екатеринбурга в списке бы не было.
Видно же, что города составлены парами: Ярославль-Москва, Москва-Питер, Самара-Екатеринбург, Ростов-Краснодар.
Каждая пара для двух групп команд-участниц ЧМ. Так это всегда обычно делается. В общем, ничто, по идее, не машало РФС заявить пару Томск-Новосибирск. Ведь если по большому счёту, то в первый раз по-барабану куда из Москвы лететь. Что два с половиной часа в Краснодар, что четыре в Томск. Разница невелика. А на месте уже переезды между городами-парами не велики.
По окончании групповых турниров снова возвращение через Москву. И снова разница во времени перелёта не такая уж значительная. Так что пень не такой уж и ясный. Особенно с учётом того, что вас когда-то послали наболт с идеей проведения матчей молодёжек России и Казахстана.
В общем, я всё-таки полагаю, что причина в другом.

Томск вышел – 16 игр купили! 16 игр – и вышли в высшую лигу. (с) Владимир Косогов.